Поздравляю! Все-таки восемь лет почти каждый день выкладывать что-то новое, смешное, и не заморачиваться с каким-то сценарием, который будет держать весь комикс - это нужно уметь! Если я не ошибаюсь, так во всем мире кроме вас смогли только Cyanide&Happiness и XKCD.
Поздравляю с юбилеем!
Насчет разбиения. Смотря сколько будет выпусков. Если сценарий хотя бы на 50 выпусков расписан - тогда смело выделяй в отдельный. Если нет - не нужно. Как вариант - можно будет собрать все в один архив и выложить по завершении сюжета.